Akira Shiroyanagi, un lycéen qui se retrouve soudainement transporté dans un monde étrange. Dans ce monde, Akira et d’autres individus dotés de pouvoirs surnaturels sont forcés de s’affronter dans des combats mortels. Chaque combat ne dure que cinq secondes, d’où le titre.
Akira découvre qu’il possède une capacité unique qui lui permet d’analyser et de maîtriser n’importe quelle technique ennemie en cinq secondes. Il se retrouve ainsi pris au milieu d’affrontements violents, où il doit non seulement survivre mais aussi comprendre les règles de ce monde mystérieux.