Dans cette suite se passant après Naruto, Konoha est maintenant une ville moderne et prospère, mais de nouveaux défis menacent la paix durement acquise. Boruto, en quête de reconnaissance et cherchant à trouver sa propre voie, se retrouve dans des situations où il doit faire face à des adversaires puissants et à des enjeux importants.
Boruto est accompagné de ses amis, Sarada Uchiha, la fille de Sasuke et Sakura, et Mitsuki, un mystérieux garçon aux origines particulières. Ensemble, ils forment une équipe et participent à diverses missions en tant que ninjas de l’Académie de Konoha.