L’histoire se déroule dans un jeu de survie virtuel appelé “Btooom!” qui simule des combats à l’aide de bombes. Ryouta Sakamoto, le protagoniste, est un joueur passionné du jeu, mais sa vie bascule lorsqu’il se réveille sur une île déserte sans aucun souvenir de la façon dont il y est arrivé. Ryouta réalise rapidement que la situation dans laquelle il se trouve ressemble étrangement à celle de “Btooom!”.