L’histoire reprend avec Sakura Kinomoto, qui est maintenant au lycée. Tout semble normal jusqu’à ce qu’elle ait un rêve mystérieux où toutes ses cartes Clow perdent leurs pouvoirs et deviennent transparentes. Peu de temps après, les cartes réelles de Sakura subissent le même sort, se transformant en “cartes claires”. Déterminée à résoudre ce mystère, Sakura reprend son rôle de Card Captor avec l’aide de ses amis, notamment Syaoran Li, Tomoyo Daidouji, et d’autres personnages bien-aimés de la série originale.